Правда, значение имеет то, как сам упрощенец отреагирует на это условие.
По общему правилу организации и ИП, применяющие УСН, не являются плательщиками НДС: не обязаны выставлять счета-фактуры, платить налог и отчитываться по нему. Однако если упрощенец выставит покупателю счет-фактуру с выделенной суммой НДС, в отношении указанной операции у него возникнет обязанность по уплате этого налога (п. 5 ст.173 НК РФ).
Указание в госконтракте цены с НДС само по себе не обязывает продавца на УСН выставить счет-фактуру. Соответственно, если упрощенец этого не сделает, то и НДС ему платить не нужно. Если же с оглядкой на условия контракта упрощенец все же выставит счет-фактуру с выделенной суммой НДС, уплаты налога ему не избежать.
Источник: Письмо ФНС