Даже если продавец выставил счет-фактуру с нарушением срока, покупатель все равно может принять к вычету НДС по такому документу.
Минфин напомнил, что основанием для отказа в НДС-вычете могут быть только фундаментальные недочеты в счете-фактуре. А именно, если из-за ошибок невозможно идентифицировать продавца, покупателя, наименование товаров (работ, услуг), их стоимость, а также ставку НДС и сумму налога.
Ну вот выставление счета-фактуры позже установленного срока не относится к ошибкам, препятствующим покупателю принять к вычету предъявленный НДС.
Источник: Письмо Минфина