В случае когда пользователь ККТ сформировал кассовый чек с неправильной ставкой НДС, корректировать нужно весь расчет целиком.
Ведь ошибка в ставке НДС влечет за собой также ошибку в итоговых суммах НДС в составе кассового чека.
При применении форматов фискальных документов версии 1.1 и выше для коррекции расчета нужно:
— сформировать чек коррекции, идентичный некорректному (со всеми имеющимися ошибками), на обратную операцию. Например, для коррекции операции «приход» нужно сформировать чек с признаком «возврат прихода»;
— сформировать кассовый чек коррекции с корректными данными.
Источник: Письмо ФНС